Kontrolės misijos metu bus tikrinami žvejybos laivai, žuvų laimikiai juose, žvejybos įrankiai, dokumentai ir žvejybos taisyklių vykdymas. EFCA valdomą ir administruojamą laivą „Lundy Sentinel“ žvejybos kontrolei ES šalių specialistai gauna nemokamai.

ES Baltijos regiono šalių žvejybos laivai laisvai žvejoja vieni kitų vandenyse, tad aktualu užtikrinti, kad ši žvejyba būtų kontroliuojama koordinuotai, pavyzdžiui, kad būtų užtikrinta Lietuvos laivų, žvejojančių Lenkijos arba Danijos vandenyse, kontrolė.

Šalys vykdo tarpusavio pagalbą pagal Jungtinės veiklos planą, kuris pagal rizikos veiksnių analizės rezultatus nustato, kada ir kur bus sutelkiamos bendros šalių žvejybos kontrolės pajėgos – kontrolės laivai, orlaiviai ir bendros žvejybos kontrolės pareigūnų komandos. Šalys pasikeisdamos vadovauja šioms operacijoms. Žuvininkystės tarnybos prie Lietuvos Respublikos žemės ūkio ministerijos pareigūnai koordinavimą atlieka reguliariai ir kasmet vyksta į žvejybos kontrolės laivus ir uostus užsienyje.